下肠镜需要通过肛门，从直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠一直观察到回肠，检查过程中需要不停打气，镜子反复进出，病人会感到腹胀，甚至部分病人疼痛难忍，故下肠镜一般较痛，还会有不适感。如果在手法比较熟练内镜医师操作下，不适感觉能够明显减轻。肠镜检查临床已经越来越普及，在消化内科对于疾病的诊疗很有好处。

肠镜检查最常用于下消化道出血，是必须检查的项目，如果下消化道造影怀疑下消化道有病变不能定性时，也需要做检查。如果临床有下消化道的表现，包括腹泻、便秘、大便性状的异常，建议做肠镜检查，还可以在肠镜下做活检，做内镜息肉治疗甚至放支架治疗。