金黄色葡萄球菌在临床上是比较常见的病原微生物，发现金黄色葡萄球菌感染后，要通过药敏试验区分是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，还是对甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌，对甲氧西林敏感的叫做MSSA，对甲氧西林耐药的称为MRSA，针对两种不同的金黄色葡萄球菌抗生素的选择也不同。对于MSSA，首选青霉素，也可以选择一代头孢菌素，通常效果是比较好且物美价廉，对于MRSA，由于对青霉素具有耐药性，通常选糖肽类药物，临床上常用万古霉素、去甲万古霉素等类药物。

此外抗感染的治疗还必须以清除病灶为基础，比如有某部位的脓肿或存在某部位的固定的病灶，都要在积极的清创或去除感染灶的基础上再应用上述抗生素，才能起到良好的抗菌效果。