扁平疣的治疗方法比较多，中西医的治疗有不同的方法：
1、西医增加身体的免疫力，如口服些增添免疫的制剂，如匹多莫德，或者打些调节免疫的针剂，如重组人白介-素2、干扰素，γ-干扰素、α-干扰素等等，这是些常规的方法；
2、还可以做些冷冻或者激光治疗，也可以达到一定的治疗的效果；
3、中医方法比较多，其通过辨证治疗，根据人体的具体的状况，经过辨证，然后出一套适合人体的处方，达到调理人体，增强气血，增强抵抗力、免疫力，达到去除病毒的作用；
4、还可以有些外用药，配些中药的外用药，也有杀病毒的作用，如伊可尔等药物，也有一定的效果；
5、用些有中医特色的治疗，如火针，对扁平疣的治疗，效果是比较确切的。