男性尖锐湿疣治疗的总体原则，首先去除疣体，如果有可能再把病毒清除，是两个治疗的目标。在去除疣体上，有物理性手段、化学性手段、生物免疫、中医中药等。清除病毒可用外抹干扰素咪喹莫特，甚至服用整体提高免疫力的药物去除病毒。

如果患者在家用药去除疣体，一定要保护好正常的皮肤黏膜。但是对于复杂的潮湿环境中比较大的疣体，不建议自行用药，容易把简单的病弄成复杂化。对于复杂不太好辨认的疣体，建议到专业机构由专业医生进行处理。