导致3岁男孩龟头红肿、疼痛的原因较多，根据不同的原因治疗方法也有所不同，具体如下：

1、包皮龟头炎：一般出现3岁男孩龟头红肿、疼痛的情况，经过医生查体会发现男孩的包皮可能会长一些，有的男孩可能是包茎状态。此时就是典型的包皮龟头炎表现，包皮龟头炎可能有轻有重，轻的可表现为红肿、疼痛，重的可能还会表现为破溃、脓性的或黏液性的分泌物。包皮龟头炎在治疗上，可用红霉素眼膏局部涂抹在男孩的包皮或龟头上；有些男孩同时需要多喝水、多排尿，让尿液冲刷局部也可达到非常好的治疗效果；

2、尿道感染：若男孩在龟头红肿，同时伴有尿急、尿频、尿痛的情况，比如男孩一说上卫生间马上就要去，不去就会尿湿裤子；但去过卫生间后过了1-2分钟又要去，去了以后每次尿的量也不多；在排尿过程中男孩可能会有尿道疼痛、尿道异物感、针扎样及刀刺样感觉，上述表现则是典型的尿道感染的表现。此时可以查尿常规看白细胞是否多、是否有红细胞、细菌计数是否多。此外，若有尿道感染情况可能也会诱发男孩的包皮龟头炎。尿道感染在治疗上一定要多喝水、多排尿，可能还需要口服头孢类的抗生素来控制感染。

此外，若男孩龟头红肿经常发作还需查泌尿系统彩超，看男孩的上尿路、肾脏、输尿管是否有先天性畸形、先天积水等易发感染的因素。

总之，3岁的男孩龟头红肿，一般多见于包皮龟头炎，此时多喝水、局部应用红霉素眼膏即可。但若上述男孩龟头红肿的症状经常发作还需要到医院，让医生进行评估后再进行下一步处理。