颅内段血管彩色多普勒超声主要用来观察血管疾病。以前颅内段血管不能用超声检查，因为颅内血管有颅骨遮掩，超声会发生全反射，穿透不了。现在使用小高频探头，频率较低。

并不是颅内的每个地方都可以做颅内超声检测，一般眼眶、颞区、枕区部位相对来说骨性结构薄弱，超声声束可以穿透，有利于观察大脑血管。主要是大脑中动脉、前动脉、后动脉，通过测量流速或者流向来判断颅脑疾病。