肾结石伴肾积水的原因是堵塞引起，结石在肾脏、泌尿道主干道引起尿液从肾脏产生往输尿管流，甚至流到膀胱过程中任何一个环节的堵塞，都会造成堵塞端以上的部位慢慢扩张，医学上称为积水。
并不只是肾脏会积水，输尿管也会积水。如果梗阻结石在输尿管里，会引起梗阻平面以上的输尿管及肾盂、肾盏扩张、积水。如果结石在肾脏肾盂的开口部位，输尿管不会扩张、积水，主要引起的扩张是肾盂、肾盏。结石造成肾脏积水，肾脏有代偿机制对抗积水，比如可能出现反流，反流是指肾盂里压力很高，可以让身体会有代偿机制减轻压力，从而减缓肾脏积水对肾脏造成的损伤。短期积水身体可以代偿，但如果时间太久，肾脏积水就需要医生处理。
