部分患者就诊时会出现神经性症状，怀疑是脑干病变，需要进行CT检查，判断脑干是否有病变。

脑干位于脑后下部，由中脑、脑桥和延髓三部分组成，是连接大脑、小脑和脊髓的通道，所以做脑干CT检查和头颅CT平扫的常规位置接近，定位时可以把CT向颈椎位置下移几公分，这样可以较为完全的检查脑干部分。

但是，因为脑干周围颅骨较厚，所以伪影相对较多，所以脑干最好做磁共振扫描，磁共振没有骨伪影，可以更清晰地显示出脑干的解剖和形态。