全飞秒作为一种治疗近视的手段，对近视的治疗效果较好，而且安全性较高。目前常用近视手术包括PRK、LASIK、半飞、全飞的几种术式，其中全飞价格最高，安全性与有效性较好。但不管任何手术，均有一定副作用，全飞手术副作用与其他近视矫正手术相同，具体如下：
1、干眼症：早期可能出现干眼症，但干眼症可以随着时间延长逐渐好转，但部分患者可能并无感觉；
2、欠矫或过矫：欠矫为治疗近视时，打完激光以后还残留50度或者100度近视，过矫从近视状态矫正成远视状态；
3、其他并发症：手术以后发生出血、感染、切削偏中心等。
