女性念珠菌感染通常是由于自身的菌群失衡，即女性自身微生态的平衡被破坏而导致的感染，而并非来源于外界的感染。女性的口腔、肠道以及阴道内存在真菌，且以念珠菌为主。

女性的口腔、肠道以及阴道内存在多种不同的细菌、病原体以及微生物，并且相互依赖、相互平衡、相互制约、共同生存，所以在抵抗力、免疫力足够强的情况下不会发病。但当女性自身的抵抗力与免疫力受到破坏而出现下降，如存在妊娠期、糖尿病或不良卫生习惯等影响因素时，容易导致女性阴道内菌群失调。若阴道内出现菌群失调，则可能会导致原来存在于阴道内的念珠菌出现异常增殖而罹患霉菌性阴道炎，即外阴阴道假丝酵母菌病。