新生儿巨结肠治疗主要是有保守治疗与手术治疗两种方式，一般手术治疗在生后半岁左右做效果最好，孩子耐受力最好。但如果巨结肠症状比较严重，腹胀厉害，严重影响孩子生长发育，而且通过灌肠、扩肛等保守治疗效果差，则需要尽早手术治疗。

保守治疗主要指通过加强护理，定时温盐水清洁灌肠，促进宝宝排便达到目的。部分宝宝需要同时配合每日扩肛治疗，可以直接进行根治性手术。但还有部分宝宝腹胀比较厉害，可能需要先进行结肠造瘘术，待年龄到半岁以上，手术耐受力比较好时，再进行根治性手术治疗。