经皮肾镜手术是从腰背部打孔进入肾脏，经皮肾碎石取石术后腰痛原因具体如下：

1、手术刚完成后，因为病人存在肾造瘘管，可能会出现疼痛，尤其术后第一天有些病人症状比较明显，此时可适当使用止痛药；

2、经皮肾镜对肾脏有一定损伤，存在出血几率。此时要求病人注意卧床，但长时间卧床后也会引起腰背部酸痛。这种情况陪同家属或护士需要给病人被动翻身，改变体位，可减轻病人术后腰背部疼痛表现。术后腰背部疼痛时间为2-3天左右，病人可能逐渐会恢复。如果手术比较顺利，出血比较少，也可以允许病人适当早期活动，常规一般要求病人术后一周左右活动。如果确实比较顺利，2-3天可以把床摇起来，甚至让病人可能坐起，适当提早活动，也会减少病人腰背部疼痛发生；

3、经皮肾镜手术后拔掉造瘘管，如2-3个月后病人有时出现隐痛，可能是建立通道时需要经过肌肉造成肌肉酸痛。这种情况下也不需要担心，对病人身体通常不会造成特别不适，可以局部应用热毛巾热敷，酸痛会慢慢缓解。