肠溶胶囊主要的作用是使药物在小肠中释放，此作用是通过肠溶的特殊工艺实现。部分药物可能会对胃有较大刺激，将其做成肠溶制剂，即可使药物减少对胃肠道的刺激，如阿司匹林，可能对患者的胃有一定刺激性，可能会损伤胃，将其做成肠溶胶囊制剂，使药物定位在小肠释放，避免对胃肠道的反应。

某些药物本身的性质使其不能在胃中释放，因为胃内属于较酸的环境，可能对此药物的性状有一定破坏。将其做成肠溶胶囊制剂，可以免受胃酸破坏，从而对药物性质、作用起到保护的作用。