长期喝酵素的危害性如下：
1、含糖量较高，空腹血糖受损或有糖尿病潜在风险的人群不建议长期饮用；
2、制作酵素的发酵温度很适细菌的繁殖和生长，所以如果自己制作酵素，很容易因为温度控制不好，或者环境条件控制得不太严格，产生有毒物质或者有害细菌的滋生，如果长期饮用，也对健康不利。
酵素是当前比较流行的保健品饮用类型，酵素是由新鲜的蔬果加上活性益生菌发酵而成，有一个发酵过程。建议任何食物都不要长期吃，从中医角度任何一种食物相对都是有一定偏性，如果长期服用，会给身体带来一定影响，也可能造成中医所讲的阴阳不平衡的情况。
