脚底长疣最佳治疗方法为物理治疗，疣为人乳头瘤病毒感染引起，目前无特效药物治疗，主要通过物理治疗，比如液氮冷冻、二氧化碳激光治疗。

如果数目较多，治疗较痛苦且治疗效果较差或周期较长，也可合用抗病毒药物，比如肌肉注射干扰素。干扰素并非直接杀死病毒，通过提高局部及全身细胞免疫进行抗病毒。此外，也可口服去角化药物，如异维A酸胶丸，可减少病毒形成的局部角化、减轻皮损。