胶囊胃镜全称为磁控胶囊内镜系统，需要患者随水吞下一粒胶囊内窥镜，医生通过精确操控体外磁场控制胶囊机器人在胃内运动，全面观察胃壁和胃腔并作出诊断，大约15-30分钟左右完成检查。胶囊胃镜具有无痛、无创、不需要麻醉、一次性使用、无交叉感染、操作简便、图像较为清晰的特点，但胶囊胃镜目前可控性还不完善，不能精确接近想要观察的病灶，图像清晰度有限，不如常规高清电子胃镜。最重要是无法活检和治疗病变，只能起到筛查作用。由于胶囊最终需要从肛门排出体外，所以对于怀疑消化道狭窄或梗阻患者禁止使用。

普通胃镜是目前应用最广泛的高清电子胃镜，具有显示清楚、可以充气、注水等功能。特殊胃镜还可以进行放大和电子染色观察，以帮助医生进行更精确的诊断治疗。普通胃镜需要操作医生通过口腔将胃镜进入消化道，从而观察食管、胃、十二指肠等。患者检查时会出现明显恶心、干呕、腹胀等症状。麻醉胃镜出现已经很好的避免此类问题，在麻醉胃镜下，医生可以进行更仔细的观察，精确活检和治疗。目前胶囊胃镜不能替代常规胃镜检查，胶囊胃镜只是一种辅助检查方式，对于小肠疾病诊断更具有优势。