磺胺嘧啶钠主要可用于治疗感染性疾病，如脑膜炎奈瑟菌所导致的脑膜炎、敏感菌所导致的呼吸系统感染，也可以辅助治疗对氯喹耐药的疟疾。除此之外，磺胺嘧啶还是治疗奴卡氏菌感染的首选药物，该药还可与其它抗感染药物联合用于其它相关的感染性疾病。

磺胺嘧啶钠属于磺胺类抗菌药，此药能干扰叶酸代谢，影响病原菌DNA的合成，起到抗菌活性。磺胺嘧啶钠对多种病原菌都具有比较好的抗菌作用，如葡萄球菌、大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌，以及其它多种病原菌。患者在使用磺胺嘧啶钠时，要多饮水，增加尿的排泄，防止磺胺结晶尿的发生。