羊水穿刺可能带来胎儿丢失风险，羊水穿刺后发生流产、早产风险低于1‰。即如果有1000次左右羊水穿刺，可能会有1次胎儿丢失，发生不良妊娠结局概率较小。

尽管羊水穿刺可能增加宫内感染、胎儿丢失率以及造成出血、胎盘后血肿、胎盘早剥等一系列风险，导致母儿严重不良妊娠结局，但并不能一味否认羊水穿刺存在的必要性。对于高龄孕妇、既往有过不良妊娠历史的女性，此次胎儿的染色体、基因的状况等，有必要给予相应的染色体的查找与分析，包括羊水穿刺之后的核型分析，甚至还可以进行基因多态性检测等。