遗传性口腔溃疡该是家族性复发性口腔溃疡，无法治愈且存在遗传，便无法改变，会反复发作。预防反复发作的主要建议是多吃蔬菜、水果，保持大便通畅，尽可能避免咬伤，不可熬夜或压力太大，使复发的间隔延长或减少复发。如果发生溃疡时，局部可使用促进溃疡愈合的药物，可以使用溃疡膏、溃疡散、重组人表皮生长因子凝胶、曲安奈德口腔膏等进行局部涂抹。溃疡刚发生时便赶紧抹，溃疡便能快速愈合。
如果溃疡此起彼伏，影响生活，完全没法控制，应使用口服药物治疗，特别是复发性口腔溃疡的重型，即溃疡会发生1个月，甚至6个月，或是疱疹样的阿弗他溃疡，一次性发生几十个，严重影响患者生活，应该到口腔医院的黏膜科就诊。医生根据病情，可以选用沙利度胺、口炎清颗粒等药物，进行针对性治疗，使溃疡的间歇期延长，发作频率降低，从而减轻病情。
