小儿疱疹性咽峡炎主要是对症处理，如果出现发烧，主要是降温。儿童常用的退烧药包括布洛芬和对乙酰氨基酚，布洛芬适用于6个月以上的宝宝及成人，建议24小时使用不超过4次，间隔4-6小时使用1次。而对乙酰氨基酚适用于3个月以上的宝宝及成人，24小时使用不超过4-5次，间隔4-6小时使用1次。在一次发热病程中，建议使用同种退烧药，不到迫不得已，避免布洛芬和对乙酰氨基酚交替使用，以免增加药物副作用。

如果是蚕豆病的宝宝，建议使用布洛芬退烧，不建议使用对乙酰氨基酚退烧。同时很多疱疹性咽峡炎的患者可有咽喉肿痛，故还可选用喷咽的药，包括清热解毒的喷咽的药，缓解咽喉肿痛。但疱疹性咽峡炎是病毒感染引起的，一般并没有特效的抗病毒药，主要以对症支持治疗为主。同时注意休息，可通过多喝水帮助病毒的排出，从而缓解症状。