通常非淋菌性尿道炎，临床推荐治疗时间为7天，多数患者均可获得较好治疗效果，但治疗时需要夫妻双方或性伴侣双方同时治疗，而且治疗期间禁止性生活。临床常用大环内酯类药物，包括阿奇霉素、多西环素、红霉素与罗红霉素等，均可治疗非淋菌性尿道炎，疗程约7天。

若经过7天治疗后症状消失，也建议患者再进行复查，达到临床治愈后再进行性生活。治愈标准为临床症状消失1周以上且患者尿液澄清、尿道分泌物消失，尿沉渣镜检呈阴性，经过尿道试纸或女性宫颈刮片呈阴性，支原体、衣原体培养也呈阴性，同时需要满足三条才可以认为非淋菌性尿道炎被治愈。