睡眠呼吸暂停综合征的发病原因有很多种，根据分类，一般有中枢性睡眠呼吸暂停综合征，因中枢性疾病、心功能不全等疾病引起，临床上大概占10%左右。而临床上最常见的为阻塞性睡眠呼吸暂停综合征，其原因为随着年龄的增加、体重增加，气道脂肪会堆积在上气道，导致气道狭窄气流通过受阻，出现睡眠呼吸暂停。

还有先天性因素，如儿童先天性发育异常、颌面部异常、小颌畸形、下颌后缩、牙列排列不整齐均可导致咽腔狭窄，导致睡眠呼吸暂停综合征。且婴幼儿扁桃体肥大、腺肢体增生等也可导致睡眠呼吸暂停综合征。临床还有慢性鼻炎、慢性咽炎、鼻息肉，都可导致睡眠呼吸暂停综合征。还有混合性情况，即上述两种情况共同存在，所以病因较复杂，临床大夫需根据情况具体分析具体处理。