外阴部有鱼腥味，大部分因为厌氧菌感染。正常阴道内有微生物群寄居，通常保持生态平衡状态不引起炎症，尤其以产生过氧化氢的乳杆菌占优势。乳杆菌可以抑制其他细菌生长。如果乳杆菌减少，可能导致其他微生物大量繁殖。主要有加德纳菌，厌氧菌以及人型支原体等，从而导致内源性混合感染，称细菌性阴道病。细菌性阴道病主要症状阴道分泌物增多，鱼腥臭味，可伴有外阴轻度瘙痒或烧灼感。主要由厌氧菌繁殖同时产生胺类物质所导致。

治疗可以选择抗厌氧菌药物，如甲硝唑、替硝唑、克林霉素等。正常阴道内的菌群保持生态平衡，如果女性无异常症状时，不要过度阴道冲洗放药，如果偶有不适，可以用清水洗外阴。如果阴道内过度清洁，反而会导致厌氧菌感染，造成体内菌群失调，引发外阴或者阴道有鱼腥臭味的症状。