目前肾结石微创手术逐渐进步，并发症的出现率越来越低，但也存在部分并发症的风险，常见并发症如下：

1、肾脏出血：做肾脏做穿刺时，特别是经皮肾镜时容易造成肾脏出血，通常由于穿刺点穿到肾脏的主要血管，可能出血比较汹涌；

2、输尿管穿孔或撕脱：在做输尿管镜肾结石手术时，可能由于患者输尿管比较窄，这时可能会造成输尿管穿孔或最为严重的撕脱，即在检查镜的抽动过程中，可能将输尿管内壁的黏膜蹭脱，从而引起比较严重的并发症。