血管瘤在多个科室均可以治疗，不同医院科室不同，同一医院内部或许有多个科室可以治疗血管瘤。不同科室医生治疗血管瘤原则基本相同，各科室主要治疗方法有区别，最多接诊科室是皮肤科，血管瘤基本都位于皮肤，皮肤科医生治疗最多。皮肤科血管瘤治疗方法较全面，部分医院有血管瘤专科，开办血管瘤专科医院不多。
此外，美容科也可以治疗血管瘤，部分血管瘤需要行脉冲染料激光治疗，美容科有此类美容仪器。整形外科或整形美容科也可以治疗血管瘤，血管瘤位于皮肤，美观影响直接又明显，因此血管瘤治疗也属于一种美容治疗。
部分医院普外科也会开展血管瘤治疗，普外科治疗血管瘤多采用外科手术切除，婴幼儿做手术基本都需要全身麻醉，因此不愿意接受全麻家长尽量选择其它科室治疗。部分医院介入科同样可以治疗血管瘤，部分巨大血管瘤、血管畸形，累及范围较大、较深的血管瘤可以行介入治疗。
