疱疹性咽峡炎由肠道病毒感染引起，常见于柯萨奇病毒感染，或肠道病毒71型(EV71病毒)感染所致。疱疹性咽峡炎的治疗主要是以口服抗病毒药物和对症治疗为主，如果感染的症状较重，可以进行输液治疗，常用药物有以下三种：

1、利巴韦林：是一种广谱的抗病毒药物，对DNA病毒或RNA病毒都有一定的治疗效果，但由于利巴韦林副作用相对较大，能够引起血细胞减少，严重者可以导致溶血性贫血，因此儿童很少应用此类药物。不建议儿童静脉使用利巴韦林，口服剂型副作用也相对较大，临床上多用局部喷利巴韦林喷剂；

2、阿昔洛韦或更昔洛韦：这两种抗病毒药物主要针对于疱疹病毒，对疱疹性咽峡炎的治疗效果较好，但也有一定的副作用，例如可以引起白细胞下降或血小板减少，所以通常不建议轻症患者静脉使用此类抗病毒药物，可以口服或局部外用软膏、喷剂；

3、干扰素：干扰素的输液方式主要是皮下或肌肉注射，也有一定的副作用，可以引起骨髓抑制。