泮托拉唑的副作用包括加重肺部感染、引起骨质疏松、加重胃黏膜萎缩、引起胃息肉发生、诱发胃癌等。但泮托拉唑如果在短期内服用，并无较多的副作用，患者可以放心服用。同时泮托拉唑属于质子泵抑制剂，目前质子泵抑制剂的药物还包括兰索拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑、艾普拉唑等，上述药物的副作用相似。
若老年人长时间服用质子泵抑制剂，可能会加重肺部感染，甚至危及生命。另外，对于长期服用质子泵抑制剂的患者，可以产生息肉、胃息肉，甚至诱发胃癌，所以需要规范服用。通常患者应用质子泵抑制剂时，需要在消化内科医生的指导下正确服用，避免产生副作用，否则可能出现不可逆转的情况。
