肠结核最好发的部位在右下腹，右下腹主要是回肠末端、盲肠和回盲部，食物和大便残渣，以及肠道内容物，都是到了回肠末端回盲部交界的位置，在这个位置开始出现潴留。
这个位置是食物、内容物呆的时间最久的一个地方，结核杆菌、细菌也会在这里出现持久滞留，因此会反复刺激，引起淋巴组织增生、繁殖，引起病变，导致肠结核病灶的发生。
此外，肠结核其实也可以累及其他的部位，只是右下腹最为常见。也可以有肠外结核的表现，很多肠结核的病人，有时候会合并肺结核的表现，针对肠结核如果确定不了，可以用试验性的抗痨治疗。
因为肠道里面的结核位置，不仅是肠结核的好发部位，这个地方的病灶还有可能是肠结核，也有可能是肿瘤、克罗恩病、溃疡性结肠炎、淋巴瘤。
如果活检无法确定，又高度怀疑肠结核，可以用试验性抗痨治疗，观察治疗效果。
