硝酸咪康唑栓主要用于真菌所导致的阴道感染。副作用主要表现在用药的局部，很少引起全身副作用，在用药部位可能会感觉到阴道的刺激感或阴道瘙痒、红斑，以及阴道痉挛。部分患者可能会发生比较严重的过敏反应，比如血管神经性水肿。

如果在使用药物期间出现过敏反应，建议暂时停止使用，并及时到医院就诊。另外，在使用期间，一定要注意个人卫生，如果性伴侣也有感染的情况，建议双方同时进行治疗，并且在治疗期间避免性生活。还应该注意，在使用此药物时，要将药物放入阴道深处，并且一定要先将双手洗净，最好要配戴手套或指套，可以在一定程度上防止感染的发生。