男孩隐睾绝大部分为先天性，隐睾也是较常见男孩的先天畸形，发生率较高。在足月新生儿中发生概率为1%-4%；而早产儿隐睾发生概率更高，可高达45%。隐睾随着年龄增大，1岁前可能下降至正常阴囊位置，到1岁左右发生率在1%左右。有少数隐睾由后天造成，可能属于医源性隐睾，如患儿之前做腹股沟斜疝手术或鞘膜积液手术。手术后因瘢痕原因，也可能使得睾丸向上缩，上缩后睾丸不再位于阴囊内，即称之为医源性隐睾。

此外，后天睾丸自然上缩，出生时或者儿童成长过程中，最初几年家长会发现患儿睾丸在阴囊内可以触及。随着年龄增长，患儿可能体型较胖，而在大龄儿童中，突然发现睾丸已经无法在阴囊内触及，即后天睾丸上缩。