前列腺炎抗菌凝胶有副作用，属于局部使用药物，通过身体皮肤黏膜吸收，然后经过肝脏、肾脏代谢。通常药物均要经过肝肾代谢，抗菌素通常会加重肝脏负担，而且有时抗菌素也会对肝脏功能造成一定的损害。

抗菌素多数为化学合成物质，会增加肾脏排泄负担，甚至对肾小球、肾小管也会有一定损害。如果抗菌药物局部使用过多，可能会增加细菌对药物的耐药性，从而下次再用同类药物治疗时，通常治疗效果会变差。