霉菌性肠炎一般主要是白色念珠菌感染引起，患儿会出现反复腹泻，大便一般呈绿色或者深绿色水样便，一般伴腹疼，但发热症状、呕吐症状不太明显。这种情况下除口服抗真菌药物，比如制霉菌素抗感染外，对症治疗非常关键。对症治疗一般是饮食上改变，患儿可以吃营养、好消化的食物，然后腹部可以给予热敷、理疗，这些措施均对腹泻有帮助。
如果患儿口腔看到有白色念球菌感染引起的鹅口疮，可以同时局部涂抹制霉菌素甘油，然后配合应用碳酸氢钠消除感染病灶。如果患儿存在腹泻症状，需要补充水电解质，防止机体代谢紊乱，同时也要口服肠道的微生态制剂，抑制真菌生长，保护肠道黏膜。在饮食上要注意选择温软、好消化食物，并防止患儿肚子着凉等情况。