卵巢囊肿这是一种描述性语言，卵巢上有一个囊性肿物，畸胎瘤应该是诊断性语言，卵巢上已经有一个肿瘤，分类属于畸胎瘤，严格上畸胎瘤也是囊性，所以卵巢囊肿里可以包含畸胎瘤。畸胎瘤在没有确诊之前，也可以是卵巢囊肿。具体如何区分，卵巢囊肿可能有不同种类。畸胎瘤可以是囊肿，巧克力囊肿也可以是卵巢囊肿，黏液性肿瘤、浆液性肿瘤都可以是卵巢囊肿，畸胎瘤只是其中之一。
从B超探查下卵巢囊肿，可能描写出卵巢囊肿里的回声是纯低回声、无回声还是混合。畸胎瘤因为成分，里面可以有脂肪，可以有骨骼，可以有毛发，所以畸胎瘤囊肿在B超影像学反应是回声不均匀，有混杂性。手的触摸感觉畸胎瘤的相对来说可能比较有囊性里偏实性，而其它囊肿根据不同性质，触摸可能有比较张力大，张力小，所以有不同表现。总的来说，畸胎瘤和卵巢囊肿区别，畸胎瘤是一个明确病理种类的卵巢囊肿，卵巢囊肿的一种类型。