肠道菌群失调主要需服用益生菌，肠道本身存在有益细菌，也有不属于肠道应存在的菌种，如地衣芽孢杆菌等外源性菌种。通过益生菌可以直接补充益生菌、帮助扶持其他有益菌生长、抑制有害菌生长。益生菌量越大、种类越多，效果相对越理想，肠道菌失调主要通过益生菌，改善微生态环境。

同时，除益生菌外还可以选择酸奶，属于发酵奶，可以帮助改变肠道微环境，通常制作会直接添加益生菌成分，常见乳酸杆菌、双歧杆菌制剂。通过补充微生态制剂，可以帮助调节肠道菌群，改善肠道菌群稳态，对于便秘、腹泻等疾病具有治疗作用。