先天性肠闭锁手术风险具体如下：

1、麻醉风险：麻醉会出现窒息或者引起气道损伤；

2、吻合口瘘：手术要把两端肠管接通，最主要的并发症是吻合口瘘，如果接上去长不好，大便都漏在肚子里，需要再次手术，手术是进行造瘘，待其恢复较好，约三个月左右，再把造瘘口还纳回去；

3、切口感染：因为新生儿皮肤抵抗力差、营养不良都会引起切口感染、切口裂开；

4、远期并发症：吻合口狭窄、肠管粘连。