5岁女孩内裤有黄黄的其原因有很多，具体情况如下：

1、5岁女孩小便以后没有将小便擦干净，没有养成擦干净小便的习惯，同时喝水又不多，此时小便的颜色会偏黄，时间较长会在内裤上形成黄色的尿斑、尿渍，进而出现内裤上有黄黄的物质；

2、若5岁女孩有肝胆系统的疾病，存在黄疸，此时其排尿的尿色比较深，同样也会内裤上留下黄色的尿渍，同时还伴有肝功能的异常，可以看到全身的皮肤的黄染和巩膜的黄染；

3、部分5岁女孩可能由于会阴的炎症没有清洗干净，此炎症进而会在内裤上形成黄黄的痕迹；

4、若5岁女孩平时喜欢吃B族维生素，如维生素B₆等，此情况下小便也会发黄，也同样会因为黄色的尿渍而导致内裤上有黄黄的物质。