细菌感染和病毒感染从发病机制、临床表现，包括实验室检查和治疗都有区别。细菌感染可以引起局部感染，比如常见化脓性扁桃体炎、肺炎，再比如还有脑膜炎、肠道感染、泌尿系感染，还有皮肤软组织感染、骨关节感染和中枢感染。细菌感染也可以导致全身的感染，比如血流感染也就是通常败血症、感染性心内膜炎。细菌引起的感染可以表现为局部红肿热痛和化脓性改变。比如皮肤疖、痈，化脓性中耳炎，也可以有发热、畏寒、寒战等全身表现。细菌感染血常规可提示白细胞总数和中性粒细胞升高，C-反应蛋白、降钙素原等细菌感染的指标也升高。影像学检查也可以提示局部感染表现，比如肺炎、肝脓肿，对于细菌感染需要给予合理有效的抗菌药物治疗。

病毒感染，如呼吸道病毒可以引起上呼吸道感染，通常表现为咽痛、声嘶，鼻塞、流涕、咳嗽、少痰。如果是流感还有发热、头痛，肌肉酸痛等全身表现，这种情况血白细胞通常不高或者降低。还有一些肠道的病毒，比如轮状病毒、诺如病毒，可以引起病毒性的胃肠炎。这种情况和细菌性胃肠炎不同，多半是在秋冬季节多发水样大便，大便没有白细胞，血常规白细胞不高，这是病毒感染。其它的病毒性传染病，如病毒性肝炎、风疹、水痘、肾病综合征、出血热等都有各自的特异性的表现。在治疗方面，抗菌药是对病毒感染无效，需要选择性的应用抗病毒药物。