对于肝吸虫，可以选择药物性杀虫治疗，不涉及手术风险，在治疗过程中要评估肝吸虫引起的损伤程度。肝吸虫主要存在于肝胆管系统，可以引起胆管炎、胆囊炎、胆囊结石，还有部分患者可以出现肝脏内胆管病变，以至形成肝脓肿或肝脏大面积的炎症损伤。此时要通过MRCP(磁共振胰胆管造影)或ERCP(颈内镜逆行性胆管造影术)，来判断肝胆总管系统中是否存在肝吸虫成虫。如果有成虫，可以先取出，更有利于后续的杀虫治疗。如果没有成虫，常规使用吡喹酮杀虫治疗即可。
如果仅是胆囊炎，可能进行一个疗程的治疗即可。但如果合并肝脏脓肿或肝脏大面积炎症损伤，则需要治疗几个疗程，直到肝脏病变稳定或血常规嗜酸性粒细胞稳定并不再增高，以及大便中没有虫卵等，来确定最终治疗的结束时间点。肝吸虫治疗应尽早进行，因为一旦感染肝吸虫后形成胆管病变，将来有发展为胆管癌的风险。
