子宫内膜异位症并发症目前临床见得较多的为疼痛和不孕，疼痛最主要表现是痛经，较多患者月经期间就诊时面色苍白，大汗淋漓，均为痛经导致。除痛经外，部分患者可出现慢性盆腔痛、性交痛、外阴痛等。故性交痛患者不愿意同房，此亦为影响不孕的主要因素。所以，子宫内膜异位症另一个主要并发症为不孕，40%-50%子宫内膜异位症患者均合并不孕。

子宫内膜异位症导致不孕的原因较多，目前常见原因可能为盆腔环境改变影响精卵结合、输送，以及子宫内膜活性异常增加，造成胚胎受孕困难。还有部分患者因子宫内膜异位导致卵巢功能、排卵障碍，即常见黄素化未破裂卵泡综合征。部分患者因子宫内膜异位症造成月经量较多，也出现贫血。