囊肿可以长在身体的各个部位，常见的内脏囊肿是肝脏囊肿和肾脏囊肿，上述脏器最容易长囊肿。囊肿本身是水泡，肝囊肿长大时可能会有肿胀感。肾是腹膜后器官，如果是较大的囊肿，水泡长大后可以压迫周围组织器官，有肿胀感，可以用药物，也可以手术切除，或者将囊液抽吸干净后注射化学药物，让囊壁形成粘连性萎缩。

其它地方也可能会长囊肿，比如腹膜后囊肿，常见于直肠后骶前间隙囊肿，称为骶前囊肿，可能为成熟畸胎瘤，女性卵巢也容易长囊肿。任何皮下组织均可能会长囊肿，比如皮脂腺囊肿、汗腺囊肿等。