生理性卵巢囊肿指的是卵巢在生理周期时发生卵泡过大或者黄体过大所引起，没有特别的临床症状，通常是患者在检查的过程中发现，经过超声检测。原因主要是下丘脑-垂体--卵巢轴的调节功能紊乱造成，比如卵泡从发育到成熟到排卵，甚至到后面黄体期萎缩，调节轴正常不存在黄体增大，或者卵泡发育过大没有排出来的现象。

应该区别卵巢囊肿的来源，卵巢囊肿有生理性，也有病理性。激素调节功能有问题，卵巢轴调节有问题才会有生理性的囊肿。生理性月经干净之后再复查会消失，病理性的月经干净之后复查没有消失，可以运用短效的避孕药口服三个月，短效避孕药会抑制囊肿生长，吃药后再复查囊肿会消失。若还没有消失，而且长得比较快或者逐渐长大，可以定义为病理性卵巢囊肿。