微创治疗主要包括ERCP方式、腹腔镜方式，肝内胆管结石包括两部分，Ⅰ级胆管结石以及Ⅱ级以上的胆管结石，需要分别对待。ERCP只能取到Ⅰ级胆管结石，而在分支以下的结石没法取。所以ERCP的微创治疗只限于Ⅰ级分支肝内胆管，即左右肝管或肝总管或胆总管结石，可以通过ERCP方法来取。腹腔镜也是微创治疗，可以通过腹腔镜手术取石，通过腹腔镜下进行胆道镜检查，可以把Ⅰ级到Ⅱ级以下的胆管结石取出。

但在Ⅱ级以上的分支胆管结石，做腹腔镜胆道探查取石方法比较困难。根据病人的情况，如结石引起胆道梗阻，已经引起部分肝叶萎缩，肝功能没有丧失。为了治疗结石疾病，需要做肝段或肝叶切除，这时不叫取石，而叫腹腔镜微创手术或肝部分切除手术。由于胆总管堵住，肝脏萎缩，把病变部分的肝脏胆管切掉，达到治疗目的。