孩子龟头疼痛的原因如下：

1、感染：排除外伤和蚊虫叮咬，一般都是感染因素，大多由急性龟头炎造成，可尽早地做包皮环切手术；

2、外伤、蚊虫叮咬：比较少见，都可造成其龟头疼痛；

3、喝水少：如果孩子偶尔发作，可能跟天气炎热、其饮水少、出汗多、排尿少等有关系；

4、包皮因素：如果孩子经常发作，要考虑包皮是否过长或包茎诱发感染。包皮长和包茎的孩子，可能有包皮口红肿、水肿，有脓性或血性的分泌物，一定要让其多喝水、多排尿，尿液本身无菌，可以起到非常好的冲刷、治疗作用。同时可以用红霉素眼膏均涂抹在尿道外口、龟头、包皮、包皮口周围，可以起到非常好的消炎、止痛作用。也可根据其情况选择进行包皮环切手术，将多余包皮切除，让龟头充分外露，冠状沟和包皮口周围方便清洁，不给细菌留下滋生的机会，包皮、龟头炎就可治愈。