注射用醋酸卡泊芬净主要是用于治疗真菌感染性疾病，主要的有效成分是卡泊芬净，属于棘白菌素类抗真菌药，对多种真菌都具有比较强的抗菌作用。它对念珠菌属、曲霉以及其它的多种真菌都具有明显的抗菌作用，可以用于真菌感染性的疾病。比如可以用于肺部真菌感染、食道真菌感染病、腹膜真菌感染以及其它部位的真菌感染。

除治疗外，注射用醋酸卡泊芬净还可以用于粒细胞减少伴发热的患者，这类人群通常是真菌感染性疾病的高危人群，因此也可以作为这类患者的预防性抗真菌用药，总之注射用醋酸卡泊芬净主要是用于治疗真菌感染性疾病，同时也可以适用于预防高危人群的真菌感染。