治疗巨细胞病毒感染的药，首选静脉的更昔洛韦，如果口服可以选择缬更昔洛韦。如果巨细胞病毒出现更昔洛韦的耐药，可以应用膦甲酸钠。通常情况下对于巨细胞病毒感染，主要应用静脉的更昔洛韦治疗，效果非常好、生物利用度比较高。
如果患者病情稳定之后，可以改为口服的缬更昔洛韦，而不是选择口服的更昔洛韦。口服的更昔洛韦效果比较差，生物利用度比较低，所以巨细胞病毒静脉更昔洛韦治疗之后改为口服，一般选择缬更昔洛韦，缬更昔洛韦的生物利用度，比更昔洛韦口服要高得多。缬更昔洛韦生物利用度大约接近70%，而口服的更昔洛韦的生物利用度只有7%，两者差别非常大。
很多患者静脉应用更昔洛韦之后病情稳定好转，但是换为口服的更昔洛韦之后病情出现反复，出现不良效果。所以如果改为口服之后不建议用更昔洛韦，而是选择缬更昔洛韦。如果出现更昔洛韦耐药，一般可以应用膦甲酸钠。
