多发性肝囊肿最佳治疗方案，主要取决于囊肿的具体情况。如果囊肿都比较小，并没有相关的症状，肝功能也正常，此种情况下最佳治疗方法是定期随访、复查。

如果有部分的囊肿过大，引起患者腹胀的症状，或因为有部分的囊肿出现出血、感染、胆漏等情况，同样也引起患者感染性症状或其他症状，就需要进一步处理。

处理方式可以是穿刺抽液，也可以考虑腹腔镜微创手术或开腹手术，具体要根据患者的病情而定。具体如下：

1、穿刺抽液：如果只是单纯个别的囊肿增大明显，囊肿内还是没有出现感染、出血、胆漏等的风险，可以做穿刺抽液，降低囊腔内的压力，但一般此方法只能暂时，并不能完全解决问题。

2、手术治疗：还可以考虑做腹腔镜微创手术和开腹手术，相对腹腔镜是微创手术，但是有些部位的囊肿可能无法达到完整的开窗效果，而一般做开腹的肝囊肿开窗，能够对多发的大囊肿进行有效的开窗，相对会做得比较彻底，但一般手术治疗也只是暂时，因为囊腔过多，在手术过后数年内有可能剩下的囊肿再次增大，引起相应的情况。针对发展到比较晚期的情况，如引起肝功能衰竭的情况下，一般手术治疗效果也不佳，最终可能需要靠肝移植，才能获得最有效的治疗。