少数微小病变肾病患者可以自愈，多数患者需要干预治疗。微小病变肾病是一种病理形态学的诊断，肾穿刺活检时肾小球病变较轻微、免疫荧光阴性，表现为大量蛋白尿、低蛋白血症，称为肾病综合征。
大部分微小病变肾病患者，特别是儿童、青少年对糖皮质激素较敏感，因此应用糖皮质激素治疗，多数患者蛋白尿可以转阴、血浆白蛋白升高，病情缓解。少数对糖皮质激素治疗不敏感患者，可以采用糖皮质激素加免疫抑制剂，如糖皮质激素加他克莫司、环孢素治疗，也可以采用糖皮质激素联合生物制剂，如利妥昔单抗进行治疗。
大部分微小病变肾病表现的肾病综合征患者，预后较好，经过合理治疗，病情可以缓解，但也有少数患者停药或者减药过程中病情容易复发。
