龟头炎用碘氟消毒不能治愈。碘伏消毒对龟头炎某种致病菌有一定的疗效，但对多数真菌感染引起的龟头炎疗效有限，所以龟头炎用碘伏消毒治疗效果有限。
龟头炎最常见于浅表性龟头炎，浅表性龟头炎最常见的致病菌主要是链球菌、葡萄球菌及表皮葡萄球菌等，用碘伏消毒后，对这类细菌有明显的疗效，但对白色念珠菌感染及多种其他致病菌感染，碘伏消毒后疗效有限。
部分龟头炎是由湿疹所引起，由湿疹引起的龟头炎，用碘伏消毒基本没效。滴虫病感染引起的滴虫性龟头炎，用碘伏消毒效果也有限。
滴虫感染时通常采用灭滴灵治疗，通过口服灭滴灵治疗、局部使用灭滴灵洗液清洗，滴虫性龟头炎症状才会明显好转。龟头炎还见于干燥性龟头炎，干燥性龟头炎常引起龟头黏膜、皮肤发白，还会出现局部脱皮现象，通常不能用碘伏消毒处理。
