肚子疼腹泻的药物治疗根据病因有所不同，具体如下：

1、急性肠炎：特别是细菌感染导致的腹泻，通常建议进行对症治疗和对因治疗。对症治疗可选择黄连素、蒙脱石散，都是常用的止泻药物。同时可以选用抗炎药物，比如常用的喹诺酮类药物、头孢类药物，都可以起到抗菌作用，从而改善腹泻和腹疼的症状；

2、肠道痉挛：可辅以匹维溴铵类药物，改善肠道痉挛、缓解症状；

3、肠易激综合征：若经过一系列检查，提示并非器质性病变，而是功能性改变，治疗上要去除诱因。可选择缓解肠道痉挛的药物，如匹维溴铵、马来酸曲美布汀。也可以加用肠道益生菌，改善肠道内环境，缓解肚子疼腹泻的症状；

4、其他疾病：如炎症性肠病、溃疡性结肠炎，可出现黏液脓血便，需根据病情轻重，选择不同治疗。病情较轻的患者可选择美沙拉嗪制剂，病情较重的可选择激素、免疫制剂，甚至生物制剂的治疗。