肠镜检查无年龄限制，如病情需要新生儿即可行肠镜检查。对于小婴儿，通常采用较细肠镜，甚至可使用胃镜检查替代，减少肠镜检查难度及肠道影响。检查前需进行充足准备。

目前儿童肠镜包括无痛肠镜及普通肠镜，一般1岁以上儿童建议行无痛肠镜检查，以减少不适感；年龄小于1岁婴幼儿，因心血管系统不稳定，麻醉存在风险，通常建议行普通肠镜检查。小龄婴儿肠镜检查前需进行灌肠。